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上海生科院通過單細胞RNA測序?qū)|體感覺神經(jīng)元重新分類

作者: 2015年12月31日 來源:互聯(lián)網(wǎng) 瀏覽量:
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12月22日的CellResearch雜志在線報道,中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院神經(jīng)科學(xué)研究所張旭研究組研究發(fā)現(xiàn),通過高覆蓋的單細胞測序和以神經(jīng)元大小為參考的層次聚類,可對小鼠背根神經(jīng)節(jié)初級感覺神經(jīng)元進行分類,又通過

  12月22日的Cell Research 雜志在線報道,中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院神經(jīng)科學(xué)研究所張旭研究組研究發(fā)現(xiàn),通過高覆蓋的單細胞測序和以神經(jīng)元大小為參考的層次聚類,可對小鼠背根神經(jīng)節(jié)初級感覺神經(jīng)元進行分類,又通過全細胞膜片鉗在體記錄結(jié)合單細胞PCR方法可檢測各類初級感覺神經(jīng)元對外周皮膚刺激的反應(yīng)。該工作首次通過高覆蓋的單細胞測序?qū)Τ跫壐杏X神經(jīng)元進行了重新分類,并且建立了基因表達與在體功能的相互關(guān)系。

  神經(jīng)元表達的基因多于其它類型的細胞,導(dǎo)致了神經(jīng)元具有很高的異質(zhì)性。外周感覺神經(jīng)元是假單極神經(jīng)元,負責(zé)將外周感覺信號傳遞到脊髓。以往的研究將初級感覺神經(jīng)元分為:表達神經(jīng)肽P物質(zhì)或降鈣素基因相關(guān)肽的肽類小細胞、結(jié)合植物凝集素B4的非肽類小細胞、表達酪氨酸羥化酶的小細胞和表達神經(jīng)絲200的大細胞。在嚙齒類動物,小細胞通過無髓鞘的C纖維或薄髓的纖維將外周感覺信號傳遞到脊髓背角I-II層,而大細胞則通過厚髓的纖維將外周感覺信號傳遞到脊髓背角III-V層。通過功能特性還可將初級感覺神經(jīng)元分為機械感受器、傷害性感受器、熱感受器和癢感受器。依據(jù)反應(yīng)類型可將傷害性感受器稱為機械熱、機械敏感的或機械不敏感的傷害性感受器等。

  為了更好地了解初級感覺神經(jīng)元的細胞類型、分子特性和生理特性,張旭研究組的李昌林等利用高覆蓋的單細胞測序技術(shù),檢測了成年小鼠腰段背根神經(jīng)節(jié)中的初級感覺神經(jīng)元的基因表達。通過檢測差異基因表達和生物信息學(xué)分析,獲取了初級感覺神經(jīng)元的細胞類型和代表性基因。通過在體全細胞膜片鉗的方法,記錄了初級感覺神經(jīng)元對外周熱、冷、壓力等5種刺激的反應(yīng),結(jié)合單細胞PCR的方法,進一步分析了被記錄細胞的代表性基因,并將之歸類。最終發(fā)現(xiàn),初級感覺神經(jīng)元小細胞可分為1類低閾值機械感受器和5類機械熱傷害性感受器,其中5類機械熱傷害性感受器分別各有2個亞類。初級感覺神經(jīng)元大細胞可以分成4類,包括表達神經(jīng)外營養(yǎng)蛋白1Neurexophilin-1, Nxph1)的機械熱傷害性感受器和表達腦組織特異性血管生成抑制劑1相關(guān)蛋白2樣蛋白1BAI1-associated protein 2-like 1, Baiap2l1)的機械傷害性感受器,其中表達運輸?shù)鞍啄遗輳?fù)合體3樣蛋白(Trafficking protein particle complex 3-like, Trappc3l)或者表達Baiap2l1的大神經(jīng)元也分別有2個亞類。

  這項題為“通過高覆蓋的單細胞測序和功能研究鑒定軀體感覺神經(jīng)元類型”的工作,是在研究員張旭指導(dǎo)下由李昌林等完成的。該工作獲中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項、國家自然科學(xué)基金重點項目和青年科學(xué)基金項目支持。

  圖A. 熱圖顯示了197個神經(jīng)元依據(jù)細胞大小排列的層次聚類的矩陣。10個族群通過黑線方框標(biāo)注,族群的細胞大小顯示在左側(cè)。圖B. 背根神經(jīng)節(jié)初級感覺神經(jīng)元分類示意圖。依據(jù)單細胞測序和原位雜交數(shù)據(jù)建議其類別和比例,依據(jù)電生理實驗并結(jié)合已發(fā)表文獻進行功能注釋。

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標(biāo)簽:單細胞測序

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