化學法除磷：是以磷酸鹽能和某些化學物質如鋁鹽、鐵鹽、石灰等反應生成不溶的沉淀物為基礎進行的。為了生成磷酸鹽化合物，用于化學除磷的化學藥劑主要是金屬鹽藥劑和氫氧化鈣(熟石灰)。許多高價金屬離子藥劑投加到污水中后，都會與污水中的溶解性磷離子結合生成難溶解性的化合物。用于磷沉析的金屬鹽藥劑主要是Fe3+、Al3+和Fe2+鹽和石灰。這些藥劑是以溶液和懸浮液狀態使用的。

生物法除磷：是利用微生物在好氧條件下對污水中溶解性磷酸鹽的過量吸收作用，然后沉淀分離而除磷。主要是利用聚磷菌（屬于不動桿菌屬、氣單胞菌屬和假單胞菌屬等）在厭氧條件下釋放磷和在好氧條件下蓄積磷的作用。通過厭氧水解和好氧氧化，污水中的有機磷基本上已完全轉化為無機磷酸鹽，供微生物體合成自身細胞所用而被去除。

化學法除磷去除的是無機磷，有機磷很難形成沉淀，無法去除。因此，對于難降解的有機磷廢水可以先采用預處理的方法將磷釋放出來再進行化學除磷。

生物除磷首先需要通過厭氧單元釋放磷，才能保證好氧單元對磷的有效去除。嚴格意義上講，磷并未去除，只是由水相轉移到固相，是一個轉移的過程。