北京生科院趙方慶團隊發表環形非編碼RNA識別新技術
作者： 2017年03月06日 來源： 瀏覽量：
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【亞洲流體網訊】環形RNA是一類豐富的、穩定的、保守的非編碼RNA分子，與線性RNA不同，它不具有5'末端帽子和3'末端ploy(A)尾巴、并以共價鍵形成環狀結構。真核生物基因組中包含大量非編碼RNA基因，計算RNA組學采用信
【亞洲流體網訊】環形RNA是一類豐富的、穩定的、保守的非編碼RNA分子，與線性RNA不同，它不具有5'末端帽子和3'末端ploy(A)尾巴、并以共價鍵形成環狀結構。真核生物基因組中包含大量非編碼RNA基因，計算RNA組學采用信息科學等多學科方法解析ncRNA的結構與功能。
中科院北京生科院趙方慶團隊發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存在著假陽性率高、敏感度不夠等問題，該團隊研究并提出了全新的多重種子匹配算法及最大似然估計模型，可以精確識別環形RNA接頭序列，以顯著提升環形RNA的識別效率。
目前已有的環形RNA識別算法均基于對環形RNA接頭序列的查找，可分為基于注釋的算法以及從頭預測的算法。然而，由于真核生物轉錄的復雜性及環形RNA分子的特殊性，以上兩類識別算法均面臨著靈敏度低、可靠性差、運算時間長或內存使用高等問題，其應用也因此受到限制。此外，對上述識別算法的評價體系卻仍主要依賴模擬數據，難以對相關算法在真實轉錄數據中的表現進行客觀衡量。
針對此現狀，趙方慶團隊提出基于多重種子匹配策略的算法，針對比對質量較低的基因組區域，按長度降序進行種子序列提取，并將之與前后側翼基因組區域進行快速匹配。同時，建立了最大似然估計模型，判斷該種子序列的真實來源，并排除來自線性轉錄本或剪接副產物的干擾，從而極大提高了環形RNA分子識別的精度。該研究摒棄了偏差較大的模擬數據評測方法，采用 RNase R降解前后真實轉錄數據的比對體系，對10種已有算法進行全面的評測比較。結果顯示該研究建立的方法在包含靈敏度與可靠性在內的綜合表現（F1得分）上具有明顯的優勢，其并行模式還可進一步提升運算速度及內存使用效率。該算法與此團隊開發的CIRI, CIRI-AS等分析工具（Genome Biology, 2015； Nature Communications, 2016）實現無縫銜接，將進一步促進環形RNA組成及功能等方面的研究。
該工作由趙方慶課題組的研究生高遠和張金陽完成，得到了國家自然科學基金委和中科院的經費支持。
（責任編輯：LLX QQ：2355779321）
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